工程机械施工作业人员合格证在厂里是可以使用的。根据《中华人民共和国行政许可法》相关规定，对于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施的操作，需要操作者具备相应的资格或资质。合格证即是操作者资质的一种体现，因此在厂里进行工程机械施工作业时，持有相应合格证是必要且有效的。若未持有合格证进行操作，可能会引发安全问题，造成严重后果。
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